แกน Y ใช้อลูมิเนียมโปรไฟล แบบ Dural Frame ที่มีความแข็งแรง เพิ่มความแม่นยำในการสร้างชิ้นงาน
Prusa MK3S+ ใช้ Trinamic2130 drivers และพัดลมจาก Noctua ทำให้ตัวเครื่องทำงานเสียงเบา แม้จะเป็น open structure และยังคงความเร็วในการปริ๊นได้
ในกรณีที่เกิดไฟดับหรือปลั๊กไฟหลุด ระบบจะเก็บข้อมูลไว้ สามารถกลับมาปริ๊นต่อจากจุดที่ยุดไดั
บอร์ดคอนโทรล EINSY RAMBo ที่พัฒนาเฉพาะของ Prusa Research มีเซนเซอร์ตรวจจับการหลุดสเต็ปของมอเตอร์ และแก้ไขอัตโนมัติ ไม่ต้องมาเริ่มปริ๊นงานใหม่
ระบบตัววัดระยะ ที่วัดระยะได้แม่นยำแม้จะมีการเปลี่ยนแปลงในอุณหภูมิของจุดที่วัด เป็นอุปกรณ์ที่อัพเกรดจากรุ่น MK3S
ในจุดสำคัญที่มีผลต่องานปริ๊น ชิ้นส่วนที่ใช้เป็นแบบคุณภาพสูง เช่น แบริ่ง MISUMI ถูกใช้ในแกน Y
ระบบการเช็คเส้น ถูกพัฒนาเป็นแบบ optical + mechanic เซนเซอร์ รองรับวัสดุทุกชนิดและสี
แผ่นปริ๊นจะติดเทป PEI ที่ช่วยให้งานพลาสติกยึดติดได้ดีขึ้น เมื่อปริ๊นเสร็จ แผ่นฐานปริ๊นสามารถบิดงอให้งานหลุดได้อย่างง่าย
